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Für Fahrten zwischen den Terminals können alle S-Bahnlinien sowie Busse genutzt werden.

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Die S-Bahn-Linien S9 und S45 verbinden die Stationen Schönefeld, mit dem neuen Terminal 5 des BER, Waßmannsdorf und dem Terminal 1-2. Insgesamt ermöglicht die S-Bahn so etwa alle 10 Minuten einen Wechsel der Terminals in nur 8 Minuten Fahrzeit.